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用學術論文告訴你武漢肺炎的發(fā)病機理及傳播狀況

作者:PaperPP  發(fā)布時間:2020-02-01 21:53:21

武漢肺炎只是俗稱,即新型冠狀病毒肺炎。最近幾日,我每天至少花2小時時間閱讀SCI上關于2019‐nCoV 的相關論文。在常年被誤解是學習世界史或者人類學專業(yè)之后,是時候出來承認一番我其實是學global public health的了。我通過寫這篇不符合我平時網(wǎng)站主題的文章,一方面是想從學術角度科普一些從英文學術論文里摘抄出來的較為權威的關于本次疫情發(fā)病原理和傳播的報道;另一方面也想分享一下辨別謠言的方法,傳播和培養(yǎng)人的不同的思維方式和看待問題的角度這一主旨。

最近的謠言實在太多了。對于判斷事物的真假,個人比較喜歡以下幾個方法:

首先要弄清楚消息來源是否權威,對于“據(jù)說”或者是一段掐頭去尾的短視頻,這種可信度不大。

其次,看結論是否符合事物的邏輯。這一點需要一些專業(yè)知識來判斷了。如果結論明顯不符合生物規(guī)律,那么這方面的結論肯定是假的。

最后,要看你對信息來源方“行事邏輯”的判斷了。簡而言之,如果一個機構或者個人之前多次放出的消息都被證明為假,那么這個信息來源的消息必然也就沒有可以參考和相信的價值。并且,為了圓一個小的謊言,往往需要用一個更大的謊言去掩蓋事情真相。

另外需要再特別申明一點,由于最近的假消息實在是太多了,所以大家一定要提升辨別能力??梢詫⒉煌臉O端消息中和一下,得到一個合理的判斷。為了盡可能帶來權威的訊息,在我的這篇文章里,幾乎每一張圖、數(shù)據(jù)和結論都會引用國際知名醫(yī)學期刊,知名學者和WHO總干事的消息,并且在文章最后統(tǒng)一標明出處以及進行作者的簡單介紹。如果因為缺乏證據(jù)而進行個人推測的話,我都會在文章中注明是“個人觀點”。

一、感染原理

RNA病毒感染宿主細胞及復制的原理示意圖

圖1:RNA病毒感染宿主細胞及復制的原理示意圖 圖片來源:網(wǎng)絡

武漢新型肺炎(2019-nCoV)是一種單鏈RNA冠狀病毒。RNA病毒感染宿主細胞并繁殖的原理如圖1所示RNA病毒表面的糖蛋白會與細胞表面的受體進行特異性結合,從而“欺騙”細胞“允許”病毒進入體內(nèi),并利用宿主細胞進行RNA遺傳物質復制,產(chǎn)生新的RNA病毒,并感染新的宿主細胞。病毒的潛伏期長短不同,像艾滋病病毒可以在人體潛伏10年時間。

冠狀病毒結構圖

圖2:冠狀病毒結構圖 圖片來源:網(wǎng)絡

而對于冠狀病毒來說,冠狀病毒粒子呈不規(guī)則形狀,直徑約60-220nm。病毒粒子外包著脂肪膜,膜表面有三種糖蛋白:刺突糖蛋白(S,Spike Protein,是受體結合位點、溶細胞作用和主要抗原位點);小包膜糖蛋白(E,Envelope Protein,較小,與包膜結合的蛋白);膜糖蛋白(M,Membrane Protein,負責營養(yǎng)物質的跨膜運輸、新生病毒出芽釋放與病毒外包膜的形成)。少數(shù)種類還有血凝素糖蛋白(HE蛋白,Haemaglutinin-esterase)。冠狀病毒的核酸為非節(jié)段單鏈(+)RNA,長27-31kb,是RNA病毒中最長的RNA核酸鏈,具有正鏈RNA特有的重要結構特征:即RNA鏈5’端有甲基化“帽子”,3’端有PolyA“尾巴”結構。這一結構與真核mRNA非常相似,也是其基因組RNA自身可以發(fā)揮翻譯模板作用的重要結構基礎,而省去了RNA-DNA-RNA的轉錄過程。

2019-nCoV表面的特異性糖蛋白機理

圖3:2019-nCoV表面的特異性糖蛋白機理(摘自Dr.Eric Feigl-Ding的個人主頁)

在解釋清楚了RNA病毒感染宿主細胞的原理和什么是冠狀病毒之后,接下來我們該說本次2019-nCoV病毒的感染機理了。2019-nCoV病毒的包膜刺突糖蛋白起著受體結合和溶解寄主細胞細胞膜的作用,并且也決定著生物的向性和轉染能力。該病毒結合位點蛋白分為S1區(qū)域和S2區(qū)域,其中S1區(qū)域負責負責識別和結合宿主細胞,S2區(qū)域負責溶解細胞膜。S1區(qū)域的RNA的N端和C端都可以與宿主細胞結合,感染宿主細胞。

(注:以上段落同時參考了Dr. Eric Feigl-Ding的個人主頁以及復旦大學上海醫(yī)學院基礎醫(yī)學院病原微生物學系分子病毒學重點實驗室發(fā)布的《冠狀病毒的致病性及防控》這篇論文)

ACE2 受體蛋白的分布

圖四:ACE2 受體蛋白的分布 來源:Single-cell RNA expression profiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov

而對于被感染的宿主細胞來說,表面上需要有ACE2的表達才能與2019-nCoV病毒特異性結合,并且這種蛋白的表達主要在肺部,因此主要癥狀是肺炎(理論上說,如果其他器官也有ACE2蛋白的分布,那么其他器官也一樣會感染該病毒)。根據(jù)實驗室科學研究顯示,ACE2蛋白在男性樣本中的表達是女性的四倍以上(1.66%:0.41%),而該受體蛋白在亞裔男性的表達是美國黑人和美國白人的5倍以上(2.5%:0.47%)。個人覺得,這點也可以說明為何本次肺炎會在亞洲爆發(fā),并且男性感染人數(shù)是女性的2.7倍。不過我想再提一點,病毒對于不同人群有不同感染能力也是很正常的一件事情。埃博拉病毒對于黑人和白人的感染能力也遠遠超過亞裔。就連艾滋病,也有人是天生就具有免疫性的。

艾滋病的雞尾酒療法的原理

圖5:艾滋病的雞尾酒療法的原理

另外,之前有傳聞說治療HIV的藥物可以抑制武漢肺炎病毒,不過我目前沒有找到文獻報道。個人覺得,是認為有可能的。因為兩種病毒都是RNA病毒。而RNA病毒致病機理類似,都需要經(jīng)歷攻擊宿主細胞和逆轉錄等步驟。如果艾滋病毒和2019-nCoV病毒對于細胞的識別和RNA的逆轉錄有類似的受體蛋白,那么艾滋病藥物是有可能對于治療2019-nCoV病毒有效果的。

注:艾滋病治療目前常用療法稱作“雞尾酒療法”,即將三種及三種以上抗逆轉錄病毒藥物聯(lián)合使用,達到抑制艾滋病毒繁殖的效果

二、病毒來源

RNA表達溯源分析

圖6:RNA表達溯源分析

Xu, X., Chen, P., Wang, J., Feng, J., Zhou, H., Li, X., ... & Hao, P. (2020). Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. SCIENCE CHINA Life Sciences.

通過對于受體蛋白ACE2的RNA表達溯源分析,人們得出結論本次2019-nCoV病毒來源于蝙蝠。不過也有學者指出,本次病毒有幾乎一半的基因組是全新的并且沒有基因上的近親,并且缺乏中間宿主。

哈佛大學教授Eric Feigl-Ding在個人主頁上的學術討論

圖7:哈佛大學教授Eric Feigl-Ding在個人主頁上的學術討

第一批41位病人有28位的染病可以追溯到武漢海鮮市場并且感染了病毒,但仍然有13位病人沒有前往過武漢海鮮市場。在目前國際流行病學的研究中,都懷疑本次疫情可能有其他病毒源頭。知名雜志“Science”也引用了這種說法。

流行病學關于有其他病毒來源的研究的論文截圖

圖8:流行病學關于有其他病毒來源的研究的論文截圖

Nishiura, H., Jung, S. M., Linton, N. M., Kinoshita, R., Yang, Y., Hayashi, K., ... & Akhmetzhanov, A. R. (2020). The Extent of Transmission of Novel Coronavirus in Wuhan, China, 2020.

Science網(wǎng)站上的截圖

圖9:Science網(wǎng)站上的截圖

來源:https://www.sciencemag.org/news/2020/01/wuhan-seafood-market-may-not-be-source-novel-virus-spreading-globally

Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., ... & Cheng, Z. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet.

三、嚴重程度

1月31日凌晨,WHO已經(jīng)將本次2019-nCoV肺炎列為“國際公共衛(wèi)生緊急事件(Global Health Emergency)”(不同于疫區(qū)!!!)。這也是自2005年創(chuàng)立這項制度以來WHO第五次執(zhí)行此項條例,之前四次分別是2013年和2018年分別在西非和剛果的埃博拉,2014年的寨卡病毒,以及2009年的H1N1流感。

WHO官網(wǎng)截圖

圖10:WHO官網(wǎng)截圖

https://www.who.int/news-room/detail/30-01-2020-statement-on-the-second-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-outbreak-of-novel-coronavirus-(2019-ncov) 

WHO的總干事也在其個人主頁里承認了之前說2019-nCoV肺炎只有中等傳染能力的錯誤,并且將其危險性改成了“高(highrisk)”,并且宣布1/5的患者會成為重癥患者。知名醫(yī)學雜志柳葉刀的的主編在他的個人主頁說,2019-nCoV患者在金銀灘醫(yī)院的死亡率目前是11%。

WHO總干事將2019-nCoV肺炎的危險性改成了高

圖11:WHO總干事將2019-nCoV肺炎的危險性改成了高

WHO總干事表示大約有1/5的2019-nCoV患者是重病患者

圖12:WHO總干事表示大約有1/5的2019-nCoV患者是重病患者

柳葉刀主編在個人主頁上表示2019-nCoV武漢肺炎的死亡率目前是11%。

圖13:柳葉刀主編在個人主頁上表示2019-nCoV武漢肺炎的死亡率目前是11%。

此外,本次2019-nCoV武漢肺炎病毒的傳染能力很強,其R0(reproduction number)達到了2.6-3.8。R0是描述一個疾病可傳染能力的值。R0可以理解成在一個從出現(xiàn)過該病毒的人群中,每一個患者可以傳染新的患者的個數(shù)。R0如果小于1說明該疫情在條件不變的情況下會自動結束。R0大于1,說明必須采取措施來抑制疾病的傳播。所以這時候延長假期,相應國家的號召在家休息,就是對于防疫做出的最大的貢獻。另外,R0只代表疾病潛在的傳播能力,并不代表R0高,疾病一定會大范圍傳播。如果防疫做得好,R0也是可以控制的。

哈佛大學教授在個人主頁引用的2019-nCoV武漢肺炎的R0值。

哈佛大學教授在個人主頁引用的2019-nCoV武漢肺炎的R0值。

圖14:哈佛大學教授在個人主頁引用的2019-nCoV武漢肺炎的R0值。

另外,據(jù)文獻報道,1918年西班牙流感的R0是1.8,2009年H1N1的R0是1.46。所以這次武漢肺炎的R0是一個很高的值,個人覺得需要花很長一段時間來控制,也請大家不要著急和過于驚慌。

其他幾次疫情的R0研究

圖15:其他幾次疫情的R0研究

來源:Estimates of the reproduction number for seasonal, pandemic, and zoonotic influenza: a systematic review of the literature

四、數(shù)據(jù)預測

目前的數(shù)據(jù)預測都只能建立在一切條件不變的理想狀態(tài)下,因此幾乎一切的預測數(shù)據(jù)都是很難以實現(xiàn)的。同時,隨著氣候變化以及國家采取的一系列政策,都會有效降低病毒的感染能力。不過,預測的目的就是讓大家了解和正視病毒的傳播能力,然后盡快采取措施,比如進行隔離和減少外出,達到共同控制病毒傳播的目的。

圖16:論文“Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions”在1月24日的預測

在論文“Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions”在1月24日的指出,在1月24日的時候作者認為只有5.1%的患者被確診。如果不采取新的措施的話(不可否認的是,很顯然事實是國家和個人都采取了大量措施),到2月4日會有190000感染者。其中,上海,北京,廣州,成都和深圳需要做好防范,防止疫情大規(guī)模爆發(fā)。

圖17:論文Updated Estimating Infected Population of Wuhan Coronavirus indifferent policy scenarios by SIR Model的數(shù)據(jù)預測

另一篇論文Updated Estimating Infected Population of Wuhan Coronavirus in different policy scenarios by SIR Model則預測,如果100%的患者做好隔離的話,一月底會有大約13250位患者,到了二月底會達到20421位,而最終的患者大約是26000位。

五、世界反應

在北京時間2020年1月31日凌晨,世界衛(wèi)生組織WHO已經(jīng)將武漢肺炎宣布為“國際緊急公共衛(wèi)生事件global health emergency”。目前,根據(jù)美國CDC的數(shù)據(jù),世界上共有19個國家和地區(qū)感染了本次肺炎。截止2020年1月31日下午3時21分,全國共有9737例確診病例。

美國CDC繪制的發(fā)病地圖

圖18:美國CDC繪制的發(fā)病地圖。https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/locations-confirmed-cases.html

圖19:截止發(fā)稿,2019-nCoV中國疫情分布圖

六、結論

所以說,本次2019-nCoV病毒是一種傳染潛力很強的病毒,并且已經(jīng)在中國傳染了近萬名患者,且在國際學界,本次病毒的中間宿主和病毒源并沒有達成一致。不過對于我們來說,目前真的是要相應號召,正確判斷信息來源和信息的準確性,做好自我隔離,減少外出,降低病毒的傳播可能性,從而盡快地控制住本次病毒的傳播。

七. 參考資料

最后再說一下這篇文章的主要信息來源。

這篇文章大部分信息來源于SCI英文學術論文。部分資料來源于國際知名學者和WHO總干事。其中Dr.Eric. Feigl-Ding 在哈佛大學任教15年,是世界知名度流行病學專家;Dr.Richard Horton是世界知名醫(yī)學雜志《柳葉刀》的主編;Mr.Tedros Adhanom Ghebreyesus是WHO的現(xiàn)任總干事。

論文文獻:

1. 聞玉梅. (2020). 冠狀病毒的致病性及防控. 微生物與感染, 15(1), 0-0.

2. Single-cell RNA expression profiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov

3. Xu, X., Chen, P., Wang, J., Feng, J., Zhou, H., Li, X., ... & Hao, P. (2020). Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. SCIENCE CHINA Life Sciences.

4. Nishiura, H., Jung, S. M., Linton, N. M., Kinoshita, R., Yang, Y., Hayashi, K., ... & Akhmetzhanov, A. R. (2020). The Extent of Transmission of Novel Coronavirus in Wuhan, China, 2020.

5. Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., ... & Cheng, Z. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet.

6. Estimates of the reproduction number for seasonal, pandemic, and zoonotic influenza: a systematic review of the literature

7. Read, J. M., Bridgen, J. R., Cummings, D. A., Ho, A., & Jewell, C. P. (2020). Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions. medRxiv.

8. Updated Estimating Infected Population of Wuhan Coronavirus in different policy scenarios by SIR Model

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